A regra geral é que o emitente e o destinatário deverão manter em arquivo digital as NF-e pelo prazo estabelecido na legislação tributária para a guarda dos documentos fiscais, devendo ser apresentadas à administração tributária, quando solicitado. Assim, o emitente e o destinatário deverão armazenar apenas o arquivo digital.
No caso da empresa destinatária das mercadorias seja emitente de NF-e, ela não precisará, portanto, guardar o DANFE (pois está obrigada a receber a NF-e), devendo guardar apenas o arquivo digital recebido.
Caso o destinatário não seja contribuinte credenciado para a emissão de NF-e, o destinatário poderá, alternativamente, manter em arquivo o DANFE relativo à NF-e da operação pelo prazo decadencial estabelecido pela legislação, em substituição ao arquivo eletrônico da NF-e, devendo ser apresentado à administração tributária, quando solicitado.
Importante salientar que o destinatário sempre deverá verificar a validade da assinatura digital, a autenticidade do arquivo digital da NF-e e a concessão da Autorização de Uso da NF-e.
Fonte: http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/