A legislação estadual prevê o uso da NF-e para documentar fatos geradores de ISSQN, através dos arts. 26-A e 29 do Livro II do Regulamento do ICMS (RICMS). Portanto, do ponto de vista do Estado não existe nenhum procedimento adicional para a autorização de uso de NF-e com destaque de ISSQN. Se o contribuinte do ICMS cadastrado como emissor de NF-e pedir autorização de uso de um arquivo XML corretamente formado, esta autorização será concedida.
Entretanto, para que esta informação a respeito do ISSQN tenha validade perante o Fisco Municipal da cidade onde estiver estabelecido o contribuinte, é necessário que a Legislação Municipal aceite o uso da NF-e (nos mesmos moldes do art. 26-A do RICMS), a qual, neste caso, será chamada de “Nota Fiscal Eletrônica Conjugada”.
Fonte: http://www.sefaz.rs.gov.br